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有些民眾每天服用益生菌膠囊，卻擔心「依賴」益生菌，益生菌其實是對人體有益的「常在菌」，人體本來就需要這類有益菌種，不存在依賴問題。
感染時，使用抗生素或有必要，然而一旦長期使用廣效性抗生素，影響體內菌叢平衡，有些原本能被體內有正常菌叢壓制的細菌反而乘勢作怪，經常造成院內腹瀉感染的。
醫師指出，消化道是人體最大的免疫器官，腸道細菌關係到人體健康。腸道細菌數目約為人體細胞數的十倍，存在部位以大腸及口腔為主，種類因不同種族或不同個人而異，約有五百至一千種，有些菌種對人體極為重要。
抗生素除影響細菌，也影響有益菌的蛋白質與細胞壁合成，尤其廣譜性抗生素久用後常影響腸胃益生菌平衡；久用或濫用後，體質也會改變。身體也會出現虛弱或體質改變。
除了體質的變化，近年來對抗生素有抗藥性的比例居高不下，也可能是濫用抗生素的影響，臨床醫師發現，治療時常遇到第一線抗生素無效，需要用到二、三線抗生素。
人體細菌可能影響影響飲食嗜好、身體胖瘦、食物的吸收及維生素的製造也與之有關。也有不少人討論人體細菌與免疫、過敏的關係。
所謂益生菌就是「活的微生物，適當量存在時有益於宿主健康」，除了輔助新陳代謝，幫助食物殘渣及腸道黏液消化，產生脂肪酸、維他命K及幫助離子吸收、促進腸道細胞生長，控制腸道上皮細胞發育及分化，還有助維護腸道免疫系統，具有保護功能，減少有害菌的侵入。
對於益生菌，多數科學家同意其有益人體健康，一般而言益生菌安全性高，但免疫極端不良如控制不良的愛滋病、化療中的白血病患者須小心使用。
台灣消化系醫學會楊國卿醫師指出，目前認為活菌才能改善健康，同時保存很重要。科學家認為益生菌確實可輔助預防抗生素導致的腹瀉等棘手消化系統問題。
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資料來源：台灣新生報